福州市第二醫(yī)院始建于1866年，是福州市屬醫(yī)療機構中歷史最為悠久的百年老院，前身為英國皇家海軍、英國領事館合辦的“海港醫(yī)館”，1887年易名為“塔亭醫(yī)院”，1956年3月定名為“福州市第二醫(yī)院”，1984年經(jīng)福建省人民政府批準，增掛“福建省福州中西醫(yī)結合醫(yī)院”，為全國第一批中西醫(yī)結合三級甲等醫(yī)院，2012年4月正式成為廈門大學附屬醫(yī)院。2016年、2017年連續(xù)進入“中國省會市屬醫(yī)院•競爭力排行榜100強醫(yī)院”“中國中醫(yī)醫(yī)院•競爭力排行榜100強醫(yī)院”。骨傷科、康復科、急診科（含重癥醫(yī)學科）獲評“2018中國中醫(yī)醫(yī)院.最佳臨床型?？啤?。

醫(yī)院是以骨科為龍頭，集醫(yī)療、科研、教學、預防、康復為一體的中西醫(yī)結合三級甲等醫(yī)院，占地面積26146平方米，建筑面積80335平方米，現(xiàn)有開放床位數(shù)1521張，設有31個臨床科室，15個醫(yī)技科室。醫(yī)院年門急診病人近150萬人次，年收治住院病人5萬余人次，開展各類手術近3萬臺，醫(yī)療業(yè)務量占據(jù)福州市13所公立醫(yī)療機構醫(yī)療業(yè)務總量的三分之一。醫(yī)院現(xiàn)有職工1933人，其中衛(wèi)技人員1751人，博士、碩士240人，高級職稱專家223人。全院共有180余人擔任全國和省市級各學術團體委員、常委、副主任委員、主任委員職務，11名專家受聘為廈門大學醫(yī)學院教授、副教授，7名專業(yè)人員受聘為助理教授，4名專業(yè)人員受聘為助教，32名受聘為福建中醫(yī)藥大學碩士生導師。

秉承著“強專科、大綜合”的發(fā)展理念，全院上下努力建設中西醫(yī)結合醫(yī)院，走特色?？破放坪腿婢C合發(fā)展道路，現(xiàn)有國家級中西醫(yī)結合重點?？?個（骨傷科、重癥醫(yī)學科），省級中醫(yī)類重點?？?個（神經(jīng)外科、康復科、心血管內科、骨傷科、急診科），省級西醫(yī)類臨床重點專科2個（骨科、康復科），福州市中西醫(yī)結合重點?？?1個（呼吸與危重癥醫(yī)學科、肝膽內科、腎內科、內分泌科、兒科、重癥醫(yī)學科、腫瘤科、消化內科、神經(jīng)內科、神經(jīng)外科、心血管內科），福州市臨床重點?？?個（骨科、康復科）。骨科為全省床位最多、專業(yè)分類最細的專科，設有創(chuàng)傷外科、關節(jié)外科、運動醫(yī)學科、脊柱外科、綜合骨科、小兒骨科、手外科、骨病骨腫瘤科、骨質疏松病、傳統(tǒng)骨科等13個病區(qū)，床位數(shù)達550余張，形成了以四肢復雜骨折處理、髖膝肩肘關節(jié)置換、脊柱退變性疾病規(guī)范化與微創(chuàng)化診療、足踝部嚴重畸形矯正、中醫(yī)藥診療、骨科快速康復為代表的臨床特色診療技術。市二醫(yī)院已成為海峽西岸三甲綜合性醫(yī)院中接診治療骨科病人最多、規(guī)模最大的醫(yī)院，骨科年門診量、急診量、住院病人總數(shù)、手術總數(shù)均位居華東地區(qū)乃至全國前列。“看骨科找二院”成了老百姓的口頭禪，骨科品牌也成為福州醫(yī)療界的一張燙金名片。

醫(yī)院學術團體眾多，擁有福建省中西醫(yī)結合學會，福建省中西醫(yī)結合學會急診醫(yī)學分會、急診分會、檢驗分會、脊柱醫(yī)學分會、康復分會、神經(jīng)外科分會，福州市中西醫(yī)結合學會，福州市中西醫(yī)結合學會呼吸內科分會、心血管內科分會、神經(jīng)內科分會，福州市醫(yī)學會骨科分會、急救分會、神經(jīng)內科分會、麻醉分會、風濕病分會、檢驗學分會、疼痛學分會；福州市骨科研究所、福州市中西醫(yī)結合研究所；福建省新生兒救護分中心、福州市急救中心、福州市骨傷康復中心、福州市臨床檢驗中心、福州市急診質量控制中心、福州市血液透析質量控制中心、福州市護理質量控制中心、福州市產(chǎn)科質量質控中心、福州市放射診斷質量控制中心、福州市臨床用藥質量控制中心、福州市麻醉質控中心、福州市腦卒中質控中心、福州市重癥醫(yī)學質控中心、福州市醫(yī)學裝備管理質量控制中心、福州市人工關節(jié)置換質量控制中心、福州市康復治療質量控制中心、福州市糖尿病醫(yī)療質量控制中心等37個省、市級醫(yī)療學術科研機構。醫(yī)院為福建醫(yī)科大學、泉州醫(yī)學高等專科學校、福建衛(wèi)生職業(yè)技術學院教學醫(yī)院；福建中醫(yī)藥大學骨傷博士、碩士研究生及中西醫(yī)結合臨床醫(yī)學碩士研究生培養(yǎng)基地；福建省骨科、內科、外科、兒科、急診科、神經(jīng)內科、康復醫(yī)學、婦產(chǎn)科、麻醉科、全科住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地；國家級中醫(yī)住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地；國家級住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地協(xié)同單位；全國“創(chuàng)傷與急診麻醉培訓基地”。

近年來，醫(yī)院大力實施科技興院戰(zhàn)略，依托廈門大學等高校的科研平臺，積極推進臨床學科的研究，實現(xiàn)了科研立項多、學術論文多、推廣應用新技術新項目多、國家級自然科學基金項目有新的突破。

醫(yī)院以深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革為契機，狠抓醫(yī)療質量，不斷提升醫(yī)療服務水平，榮獲了“金磚國家領導人第九次會晤籌備和服務保障工作先進集體”“全國首屆青運會組織籌辦先進集體”“全國感染橫斷面調查先進單位”“全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體”“福建省級文明單位”“福建省衛(wèi)計系統(tǒng)先進集體”“福建省流感監(jiān)測先進單位”“福建省感染橫斷面調查先進單位”“福州市政府雙擁工作先進單位”“福州市計劃生育先進單位”“福州市誠信醫(yī)療示范單位”“福州市熱心公益事業(yè)茉莉花銀質獎”“福州市文明單位”等榮譽稱號。